Struktur LINKSOS dirancang sesuai UU Yayasan dan mendukung pemberdayaan secara efektif melalui model kelompok kerja (pokja). Tiap Pembina fokus pada isu strategis, sementara pokja-pokja di bawah Pengurus diberi ruang merancang kegiatan secara partisipatif, memastikan program berjalan kontekstual dan responsif terhadap kebutuhan komunitas.